A maior fraqueza na maioria dos programas PHP não é inerente a linguagem em si, mas meramente um problema de código escrito desconsiderando segurança. Por essa razão, você sempre deve investir um pouco de tempo considerando as implicações de um certo pedaço de código, para ter certeza que o dano possÃvel se uma variável não esperada for submetida ao mesmo.
Seu script só afetará os arquivos desejados?
Dados incomuns ou indesejados podem ser utilizados?
Esse script pode ser usado de maneiras não intencionadas?
Ele pode ser usado in conjunto com outros scripts de maneira negativa?
As transações serão registradas adequadamente?
Você também pode considerar desligar as diretivas register_globals, magic_quotes, ou outras configurações convenientes que pode confundir você em relação a validade, origem, ou valor de uma variável qualquer. Trabalhar com PHP em modo error_reporting(E_ALL) também pode ajudar avisando sobre variáveis sendo usadas antes de serem checadas ou inicializadas (então você pode previnir que dados incomuns sejam operados).